Evaluation of Web Service Based Querying of Pharmacogenomics (PGx) Clinical Guidelines Using MyVariant.info, PharmGKB and HGVS Nomenclature

  • Every year, hundreds of thousands of patients are affected by treatment failure or adverse drug reactions, many of which could be revented by pharmacogenomic testing. To address these deficiencies in care, clinics require automated clinical decision support through computer based systems, which provide clinicians with patient-specific ecommendations. The primary knowledge needed for clinical pharmacogneomics is currently being developed through textual and unstructured guidelines. In this thesis, it is evaluated whether a web service can annotate clinically relevant genetic variants with guideline information using web services and identify areas of challenge. The proposed tool displays a formal representation of pharmacogenomic guideline information through a web service and existing resources. It enables the annotation of variant call format (VCF) files with clinical guideline information from the Pharmacogenomic Knowledge Base (PharmGKB) and Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC). The applicability of the web service to nnotate clinically relevant variants with pharmacogenomics guideline information is evaluated by translating five guidelines to a web service workflow and executing the process to annotate publically available genomes. The workflow finds genetic variants covered in CPIC guidelines and influenced drugs. The results show that the web service could be used to annotate in real time clinically relevant variants with up-to-date pharmacogenomics guideline information, although several challenges such as translating variants into star allele nomenclature and the absence of a unique haplotype nomenclature remain before the clinical implementation of this approach and the use on other drugs.

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Metadaten
Author:Moritz Juchler
URN:urn:nbn:de:bsz:840-opus4-1044
Title Additional (German):Hunderttausende Patienten leiden jährlich an Therapieversagen oder unerwünschten Arzneimittelwirkung und können deswegen von pharmakogenomischen Tests profitieren. Für die Anwendung der Pharmakogenomik im klinischen Alltag wird automatisierte ntscheidungsunterstützung benötigt. Momentant liegt das Wissen lediglich als Leitlinien vor, in Textform und unstrukturiert. Die vorliegende Arbeit evaluiert, ob ein hier entworfener Webservice klinische relevante Genvarianten mit Informationen aus Leitlinien annotieren kann. Das vorgestellte Programm gibt patientenspezifische Informationen pharmakogenomischer Leitlinien in formalisierter Darstellung wider und ermöglicht die Annotierung von Genomen im Variant Call Format (VCF) mit Informationen der Pharmacogenomic Knowledge Base (PharmGKB) und Leitlinien der Clinical harmacogenetics Implementation Consortium (CPIC). Die Eignung des Webservices, klinische relevante Genvarianten mit Informationen pharmakogenomischer Leitlinien zu annotieren, wird evaluiert, indem fünf Leitlinien in denWebservice integriert werden und das Programm auf öffentlich verfügbaren Genomen getestet wird. Der Workflow findet genetische Varianten, die in CPIC Leitlinien beschrieben werden und durch diese Genvarianten beeinflusste Medikamente. Die Ergebnisse zeigen, dass der Webservice benutzt werden kann, um schnell klinisch relevante Genvarianten mit aktuellen Informationen aus pharmakogenomischen Leitlinien zu annotieren, wobei Hürden wie die Übersetzung von Genvarianten in die Star Allele Nomenklatur oder das Fehlen einer einzigen Haplotyp Nomenklatur die Anwendungen dieser Herangehensweise an anderen Medikamenten und in der Klinik schwierig machen.
Document Type:Master's Thesis
Language:English
Year of Completion:2016
Publishing Institution:Hochschule Heilbronn
Granting Institution:Hochschule Heilbronn, Informatik
Date of final exam:2016/01/21
Release Date:2016/02/15
Tag:Genvariante; Leitlinie; Pharmakogenomik
Webservice
GND Keyword:Patient , Therapie
Faculty:Informatik
Access Right:Frei zugänglich
Licence (German):License LogoCreative Commons - Namensnennung-Keine Bearbeitung