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Im Rahmen der interdisziplinären Leberkrebsforschung des ‚SFB/TRR 77’ ‚Leberkrebs von der molekularen Pathogenese zur zielgerichteten Therapie’ fallen Genomdaten an, welche in unterschiedlichen Formaten gespeichert werden. Der ‚SFB/TRR 77’ wird technisch durch die integrierte Informationsplattform ‚pelican’ (platform enhancing livercancer networked research) unterstützt. ‚pelican’ erlaubt Forschern ihre (Genom-)Daten zentral zu speichern und Daten von anderen Projekten einzusehen. Die Informationsplattform ist nach dem Prinzip der modernen service-orientierten Architektur (SOA) aufgebaut, nach welcher Dienste über einheitliche Schnittstellen an unterschiedlichen Orten spezifische (Teil-)Aufgaben erfüllen, um so größere Prozesse zu realisieren. Damit die Genomdaten für umfassende Analysen einheitlich zur Verfügung stehen, bedarf es eines Genkonvertierungs-Dienstes zur Abbildung von Genbezeichnungen aufeinander, der in die SOA von ‚pelican’ integriert werden kann. Verschiedene Gendatenbanken und biomedizinische Standards wurden auf ihre Eignung untersucht, Gene eindeutig zu identifizieren. Auch die Tools des ‚cancer Biomedical Informatics Grid’ (caBIG) werden auf Methoden und Werkzeuge zur Unterstützung einer eindeutigen Genidentifikation analysiert. Aus den verschiedenen Genidentifikationsmöglichkeiten wird eine optimale Methode ausgewählt, mit der im Genkonvertierungs-Dienst gearbeitet werden kann. Diese ist das ‚Gensymbol’, da es Gendatenbank übergreifend ist und von dem Human Genome Organisation (HUGO) Gene No-menclature Committee (HGNC) standardisiert wird. Die Daten aus der HGNC-Datenbank werden in eine eigene MySQL-Datenbank transferiert. Auf Basis dieser Datenbank wird ein Webservice entwickelt, der dann in die SOA der Informationsplattform eingebunden werden kann. Der erstellte Webservice steht zur Abfrage von Genomdaten bereit. Mittels entsprechenden Tests wird die Funktionalität des neuen Services validiert.
Der Einsatz von virtuellen Szenen in der Medizin gewinnt zunehmend an Bedeutung, weil Navigations- und Planungshilfen für den Arzt geschaffen werden. Die Verwendung von komplexen Computersimulationen soll den Behandlungsprozess verkürzen und gleichzeitig die Behandlungsqualität durch eine gezielte Vorgehensweise verbessern. Wegen der hohen Komplexität von Bildverarbeitungsalgorithmen ist es jedoch schwierig, eine einfache Interaktion mit den medizinischen Daten zu ermöglichen. Zudem werden Benutzereingaben durch die Eingabegeräte wie Maus und Tastatur eingeschränkt, da diese in vielen Fällen keine einfache Steuerung zulassen. Diese Diplomarbeit beschäftigt sich mit der Umsetzung intuitiver Interaktionskonzepte für den alltäglichen klinischen Gebrauch durch Verwendung von intuitiven Eingabegeräten (3D Maus, Wii Controller). Die Entwicklungen basieren auf dem Medical Imaging Interaction Toolkit (MITK) des Deutschen Krebsforschungszentrums (DKFZ). Dabei wurden von einer einfachen Kamerafahrt in einer Volumenvisualisierung über die Realisierung eines Headtracking in einer virtuellen Realität bis hin zu der Interaktion mit 3D Objekten konkrete Anwendungsbeispiele erarbeitet, analysiert und bewertet.
Die visuelle Analyse der kindlichen Spontanmotorik hat sich als aussagekräftiges Verfahren zur Prognose schwerer neurologischer Störungen erwiesen. Eine computergestützte Entscheidungsunterstützung könnte Ärzten eine wertvolle objektive Hilfe bei der Prognosestellung geben. Mit dem Ziel ein solches entscheidungsunterstützendes System zu entwickeln, wurde am Institut für Medizinische Biometrie und Informatik der Universität Heidelberg ein Forschungsprojekt durchgeführt. Darin wurde u.a. ein Softwarepaket für Forscher entwickelt. Die Ergebnisse der Forschung wurden bislang nicht für Ärzte zugänglich gemacht. Diese Arbeit ergänzt das Softwarepaket des Projekts um zwei Komponenten. Ein grafischer Editor erleichtert die Nutzung des bestehenden Softwarepakets, indem es den Forscher bei der Ablaufsteuerung des entscheidungsunterstützenden Prozesses unterstützt. Eine Präsentationskomponente macht die Ergebnisse des entscheidungsunterstützenden Prozesses für Ärzte nutzbar. Die beiden Komponenten werden mit ähnlichen Komponenten anderer Forschungsprojekte im selben Kontext verglichen und exemplarisch evaluiert.
Die großen Datenmengen der klinischen Routine stellen für die medizinische Forschung ein großes Potenzial dar. So lassen sich zum Beispiel doppelte Erhebungen vermeiden oder Studienteilnehmer schneller finden. Sollen diese Daten genutzt werden, bedarf es geeigneter Werkzeuge und Prozesse. Im Rahmen des RWH Projektes der Medizinischen Uniklinik Heidelberg und dem GECKO Institut der Hochschule Heilbronn soll in dieser Arbeit ein Abfragewerkzeug für multidimensionale Datenbanken erstellt und verifiziert werden. Den Schwerpunkt der Arbeit bildet die Wahl einer geeigneten Softwarearchitektur. Im Anschluss an eine Anforderungsanalyse wird das Abfragewerkzeug mit Hilfe von Java Technologien, wie dem Google Web Toolkit und dem Open Java API for OLAP, erstellt. Die Anforderungen werden mit zwei Anwendungsszenarien verifiziert. Der RWH Report-Browser konnte mit der festgelegten Architektur implementiert werden. Zum Erstellen von MDX Anfragen an das DataWarehouse wurde ein Anfragegenerator implementiert. Die Verifikation zeigt, dass der Report-Browser als Plattform für den Zugriff auf klinische Routinedaten geeignet ist. Eine gute Testbarkeit der Architektur konnte nachgewiesen werden.
In einem überregionalen Forschungsprojekt untersuchen Heidelberger und Hannoveraner Wissenschaftler Entstehungsmechanismen und neue Therapieansätze des Leberzellkarzinoms, einer der tödlichsten Tumorerkrankungen unserer Zeit. Die IT-Plattform pelican soll dem Forschungsverbund die softwaregestütze Analyse und den Austausch von Leberkrebs-Forschungsdaten ermöglichen. Bisher fehlte dazu ein geeignetes Oberflächenkonzept. Deswegen wurde eine Benutzerschnittstelle entworfen, die in der Lage ist, heterogene Daten und Funktionen darzustellen und dabei flexibel an die Nutzerbedürfnisse angepasst werden kann. Es konnte anhand einer prototypischen Benutzungsoberfläche gezeigt werden, dass sich das Konzept praktisch umsetzen lässt. Mit Hilfe der in einem Evaluierungsprozess ausgewählten Portalsoftware GridSphere wurden mehrere Datendienste als Module in die pelican-Applikation integriert. Als besondere Herausforderungen haben sich die Navigation innerhalb der Oberflächenmodule sowie der Informationsaustausch zwischen den Komponenten herausgestellt. Die erarbeiteten Lösungsansätze wurden dokumentiert und dienen als Basis für die Integration beliebiger neuer Dienste in die Plattform. Zukünftige Entwicklungen können der Krebsforschung weltweit in Form von standardkonformen Diensten im caGrid Umfeld zur Verfügung gestellt werden.
Das Registrieren medizinischer Bilddatensätze ist ein komplexer und zeitintensiver Prozess. Ohne die Entwicklung effizienter und schneller Registrierungsverfahren müssten erhebliche personelle Ressourcen in das manuelle Registrieren investiert oder teilweise ganz auf deren Resultate und den einhergehenden Erkenntnissen verzichtet werden. Daher ist es besonders wichtig Neuentwicklungen in diesem Gebiet voranzutreiben und Programmstrukturen zu entwickeln, die diese neuen Verfahren einbinden, evaluieren und anschließend optimieren können. Das Ziel dieser Arbeit war die Entwicklung eines Softwaretools, das Registrierungsprozesse von der Vorverarbeitung über die eigentliche Registrierung bis hin zur visuellen Evaluierung unterstützt. Dabei sollte die Applikation so entwickelt werden, dass sowohl Funktionalitäten als auch Benutzeroberfläche einfach erweitert oder modifiziert werden können. Zu Beginn der Entwicklung musste ein geeignetes Framework (bzw. Entwicklungsumgebung) gefunden werden. Dieses sollte sowohl eine stabile Umgebung als auch einen möglichst großen Funktionsumfang im Bereich des Prä- und Postprocessing der Registrierung bieten können. Zudem sollte diese Entwicklungsumgebung auch Strukturen bieten, die es ermöglichen neue Funktionalitäten einfach hinzuzufügen. Auf Grund der Ergebnisse der durchgeführten Analyse kam im Rahmen dieser Diplomarbeit MeVisLab zum Einsatz.
Die vorliegende Arbeit wurde zusammen mit der Abteilung Radiologie am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) erarbeitet. Das Ziel war es, durch Evaluation der IT Strategie und durch Einsatz verschiedener Methoden zukünftige Handlungsfelder zu be-stimmen. Ein Handlungsfeld wurde exemplarisch an einem Beispiel bis hin zu konkreten Verbesserungsmaßnahmen operationalisiert. In der vorliegenden Arbeit, wird eine Eva-luation der IT Strategie in der Abteilung Radiologie des deutschen Krebsforschungszent-rum (DKFZ) vollzogen. Es wird im Grundlagen Kapitel die derzeitige Situation der Abtei-lung widergespiegelt. Darauf aufbauend werden zukünftige Handlungsfelder, mit Hilfe der Methode der SWOT Analyse identifiziert. Durch die SWOT Analyse wird der derzeiti-ge Ist- Zustand, mit Hilfe der Stärken und Schwächen abgebildet. Chancen und Risiken der Umwelt werden durch die SWOT Analyse abgebildet und ermöglichen es in Kombi-nation mit den Stärken und Schwächen der Abteilung Radiologie als Teil des DKFZ, zu-künftige Handlungsfelder zu bestimmen. Anschließend werden die Handlungsfelder prio-risiert. Bei dem Handlungsfeld mit der höchsten Priorität handelt es sich um das Hand-lungsfeld des abteilungsinternen Wissensmanagements. Das Handlungsfeld wird durch die strategischen Wege, welche die Umsetzung ermöglichen sollen, weiter ausgestaltet. Als Basis für die Entwicklung der strategischen Wege dienen die Mission, die Vision und das Leitbild, welche im DKFZ vorherrschen. Durch die anschließende Anwendung der Methode der Balanced Score Card erfolgt eine kritische Auseinandersetzung der einzel-nen strategischen Wege mit dem Ziel die Messung, Dokumentation und Steuerung der Maßnahmen des zu verfolgenden Handlungsfeldes zu analysieren. Mittels der Priorisie-rung der Maßnahmen, wird im Folgenden die höchst priorisierte Maßnahme konzeptio-nell weiterverfolgt, hierbei handelt es sich um das Zugriffskonzept des abteilungsinternen Wissensmanagementsystems. Die Diskussion setzt sich mit den verwendeten Methoden auseinander. Es wird aufgezeigt, warum es notwendig ist das Handlungsfeld, des abtei-lungsinternen Wissensmanagement, und die damit verbundenen Maßnahmen weiter zu verfolgen. Im abschließenden Fazit wird auf das Zweite zu verfolgende Handlungsfeld eingegangen und weitere zielführende Maßnahmen aufgezeigt, welche notwendig sind, um das abteilungsinterne Wissensmanagementsystem einzuführen.
Während der Therapie unbewegte Tumore lassen sich durch eine gezielte Bestrahlung präzise behandeln, bei gleichzeitiger Schonung des umliegenden Gewebes. Lässt sich eine Bewegung des Tumors während einer Bestrahlung aber nicht vermeiden, so werdenVerfahren benötigt, die eine solche Bewegung kompensieren. Diese Arbeit stellt einen Multi-Template-Ansatz vor, der eine direkte Bewegungserkennung des Tumors während der Bestrahlung ermöglicht. Um zu jeder Zeit eine individuelle und exakte Tumorposition zu erhalten, wurde ein bereits bestehendes System um eine Positionsbestimmung des Tumors innerhalb der Templates erweitert. Anschließend wurde ein Matching-Algorithmus in das System integriert. Die Ergebnisse wurden anhand eines Phantom- und Patientendatensatzes evaluiert und auf eine Eignung für ein Gating- oder Tracking- Verfahren überprüft.