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An architectural concept for implementing the socio-technical workflow of Digital Pathology in Chile
(2014)
Virtual Microscopy opens up the possibility to remotely access high quality images at large scales for scientific research, education, and clinical application. For clinical diagnostics, Digital Pathology (DP) presents a novel opportunity to reduce variability [Bauer et al., 2013] due to the reproducible access to Whole Slide Imaging, quantitative parameters (e.g. HER2 stained membrane) [Al-Janabi et al., 2012], second opinion and Quality Assurance [Ho et al., 2013]. Despite of the mentioned advantages, the challenge remains to incorporate DP into the pathologists workflow within a heterogeneous environment of systems and infrastructures [Stathonikos
et al., 2013]. Different issues must be solved in order to optimize the impact of DP in the daily clinical practice [Daniel et al., 2012] [Ho et al., 2006]. The integration needs precise planning and comprehensive evaluation for adopting this technology
[Stathonikos et al., 2013]. This thesis will focus on an organizational development approach based on a Socio-Technical System (STS). The socio-technical approach covers: (i) the technical issue: tissue-scanner, NDP.view, NDP.serve, analysis software, and (ii) the social issue: pathologists, technicians. In order to improve the integration, a joint optimization (of i and ii) is necessary. The developed STS approach will optimize the integration of DP towards improved workflows in clinical environments. The improved workflows will reduce the pathologists turnaround time, improve the certainty of the diagnostics, and provide a more effective patient care within the covered institutions. An overt multi-site Participatory Observation, Questionnaires, and Business Process Modelling Notation will be used to analyse the existing pathological workflows. Based on this, the system will be modelled with the 3lgm2 Toolkit [Winter et al., 2007] under consideration of various technical subsystems that are present in the clinical environment. Afterwards, the interfaces between subsystems and its possible interoperabilities will be evaluated, taking into account the different existing standards and guidelines for image processing and management, as well as business processes in DP. In order to analyse the existing preconditions a questionnaire will be evaluated to establish a robust and valid view. In addition, the overt participatory observation will support this elevation, giving a deeper insight on the social part. This observation also covers the technical side including the whole pathological process. The socio technical model will then reveal measurable potential for optimization with incorporated DP (e.g. higher throughput for slides). The organizational development approach consists of a Socio-Technical System based on overt multi-site participatory observations, questionnaires, business process modelling and 3LGM2, will optimize the use of Digital Pathology in the daily clinical practice and raise the acceptance to incorporate integrate the new technology within the dayly workflow through the user centred process of incorporation.
• Perform and evaluate a questionnaire and a participant observation of pathologists work days in private & public institutions
• Create and evaluate a 3lgm2 model
• Model the current pathological process (viewpoint of pathologist & technical assistant) & perform and evaluate a contextual inquiry to elevate the pathologists requirements & expectations towards the system
• Test the future WF according the model parameters.
This project will detect unsuspected interrelations and interdependencies within the socio- technical workflow with a pathology laboratory. The observation will reveal the action conformity as well as the environment in which the process has to be embedded. Furthermore it will establish an optimized workflow for a specific clinical environment to prepare the implementation of DP. Additionally it will be possible to
quantify digitized images in order to improve decision making and lastly to improve patient care. In the future it will be possible to extend automated image analysis in order to support clinical decision support. Depending on acceptance, this can lead towards an automated clinical decision support for cases with low complexity.
Initial results of an ongoing research in the field of reactive mobile autonomy are presented. The aim is to create a reactive obstacle avoidance method for mobile agent operating in dynamic, unstructured, and unpredictable environment. The method is inspired by the stimulus-response behavior of simple animals. An obstacle avoidance controller is developed that uses raw visual information of the environment. It employs reinforcement learning and is therefore capable of self-developing. This should result with obstacle avoidance behavior that is adaptable and therefore generalizes on various operational modalities. The general assumptions of the agent capabilities, the features of the environment as well as the initial result of the simulation are presented. The plans for improvement and suitable performance evaluation are suggested.
Einleitung: Die Datenerhebung in klinischen Studien erfordert eine ausgiebige, gewissenhafte Dokumentation. Dafür werden nicht nur vom Personal Informationen gewonnen, sondern z.T. auch von Patienten mit Hilfe von Fragebögen erhoben. In der chilenischen PRECISO-Studie wird zur Verwaltung und Erfassung von Studiendaten OpenClinica (OC) verwendet. Zur mobilen Patientenbefragung soll die am Institut für Medizinische Informatik (IMI) der Universitätsklinik Münster (UKM) entwickelte Anwendung MoPat2 eingesetzt werden. Dafür sollen die "Operational Data Model" (ODM)-Import- und Export-Funktionen von OC und MoPat2, beispielhaft anhand der "Quality of Life" (QOL)-Bögen der PRECISO-Studie, auf ihre syntaktische und semantische Kompatibilität getestet, Diskrepanzen dokumentiert und die Implementierung in MoPat2 angepasst werden. Mit der Arbeit soll bewertet werden, mit welchen Arbeits-/Interpretationsschritten der ODM-Standard für solch ein Projekt ein geeignetes Datenaustauschformat darstellt.
Methodik: In allen Arbeitsschritten wurde iterativ getestet, Fehler analysiert und verbessert. Basierend auf der Analyse wurden an der Struktur der aus OC exportierten ODM-Datei Ände-rungen vorgenommen. Aus der ODM-Datei wurden die Metadaten in MoPat2 importiert und daraus der QOL-Fragebogen generiert. Mit dem QOL-Bogen wurden Befragungen getestet und Fehler ausgewertet. Für den Export aus MoPat2 wurde die Implementierung der ODM-Export-Funktion erweitert.
Ergebnisse: Nur durch Änderungen konnten die Metadaten nach MoPat2 importiert und zur Generierung des QOL-Bogens genutzt werden. Befragungen mit dem QOL-Bogen haben sich als möglich aber fehlerbehaftet erwiesen. Durch Implementierungen in MoPat2 konnten mit Hilfe eines ExportTemplates Patientendaten ODM-konform exportiert werden.
Diskussion: Der ODM-Standard ist im Anwendungsfall zum Datenaustausch zwischen OC und MoPat2 gut nutzbar, jedoch mussten trotz Verwendung des Standards diverse Änderungen vorgenommen werden. Die Ergebnisse zeigen somit auf, dass die ODM-Schnittstellen beider Anwendungen erweitert und aufeinander angepasst werden müssen, um einen fehlerfreien Studiendatenaustausch zu ermöglichen.
Background: Stroke rehabilitation is a complex process that requires collaboration between stroke patients
and various health professionals. One important component of the rehabilitation is to set goals collaboratively with health professionals. The goal setting process can be time-consuming. In many cases, it is complicated for the patient and difficult to track for the health professionals. A simple user interface that supports patients, their family members and health professionals can help both sides to make the goal setting and attainment process easier.
Objectives: The aim is to design and develop a software for the goal attainment process of stroke patients with milder disabilities that facilitates goal setting process and the traceability of the goal progress for patients and health professionals.
Methods: Based on previous evaluated results, the web interface was developed and improved. Using this knowledge, a goal setting interface was added. To analyze the the goal setting process, goal attainment scaling (GAS) was included as well as parts of the International Classification of Functioning, Disability and Health (ICF) core set for stroke. The results were discussed afterwards in focus groups and evaluated based on two stroke patients, one family member and health professionals.
Results: We developed an interactive prototype, that can aid the rehabilitation at home by inserting
problems with ICF codes and different kinds of goals, creating new activities and tracing goal progress by reviewing the different goals. With the help of the GAS the outcome of the patient’s goals are visualized by a line chart presenting the positive or negative outcomes of the stroke rehabilitation.
Conclusion: The interactive prototype showed that it can support stroke patients during their rehabilitation
at home. A usability test indicated that the goal setting and attainment process was perceived as useful for patients and their family members. Small improvements have to be made to simplify use and error handling. For health professionals, the prototype could also simplify the documentation process by using ICF in the prototype, and also improving collaboration when using the tool for coordination.
Die Popularität der drahtlosen Datenübertragung wächst, seit dem der Standard 802.11 im Jahr 1997 vom Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE) für die private Nutzung ausgegeben wurde, stetig an. Hierbei beschränken sich die meisten Anwendungen auf das Wesentliche: die Übertragung von Nutzdaten zwischen einem Access Point und verschiedenen Endgeräten. Der konventionelle Weg der Datenverarbeitung in drahtlosen Netzwerk-Modulen sieht vor, dass zunächst digitale Daten in analogen Verfahren moduliert werden. Nach der Übertragung als elektromagnetische Welle, werden die analogen Daten wieder von eingebetteten Systemen in einen digitalen Datenstrom übersetzt und zum Weiterverarbeiten weitergereicht. Durch die steigende Rechenleistung von Computern gibt es auch andere Wege der Übertragung. Mit der Idee, den Datenstrom nicht analog weiterzuverarbeiten, sondern ihn in digitaler Form zu modulieren oder zu demodulieren entstanden die ersten ‚Software-Radios‘. Zu Beginn der drahtlosen Ära wurden Software-Radios zum Beispiel dazu genutzt, um Sicherheitslücken in Wi-Fi Übertragungen zu finden. Heutzutage finden Software-Radios immer mehr Anwendungen in wissenschaftlichen Bereichen abseits der üblichen Datenübertragung. Als alternative Vorreiter gelten die Arbeiten der Universität Washington „Whole-Home Gesture Recognition Using Wireless Signals“ (Quifan et al., 2013a) und die des Massachusetts Institute of Technology „See Through Walls with Wi-Fi“ (Adib F. and Katabi D., 2013). Die erst genannte Anwendung beruht auf der Theorie des Doppler-Effekts für elektromagnetische Wellen und zeigt auf, dass es möglich ist, die Übertragungsverfahren des IEEE 802.11 zu überwachen und Bewegungen nahe den Antennen zu erfassen. Die Zweite zeigt auf, dass ähnliche Ergebnisse auch ohne den Doppler-Effekt sondern nur durch die gemessenen Reflexionen von Signalen erreicht werden können. Die Möglichkeiten dieser Techniken reichen von einer Gestensteuerung, die ohne zusätzliche Sensoren am Menschen auskommt, bis zum Visualisieren von Bewegungen hinter Wänden.
Der Gegenstand der vorliegenden Arbeit ist grundliegende Problematiken der Detektion des Doppler-Effekts in digitalen Modulationen aufzuzeigen. Hierfür werden Grundlagen der Empfangstechnik erläutert. Weiterhin wird der Einsatz aktueller Grafikkarten in Software-Radios zur Detektion des Doppler-Effekts untersucht.
Wird bei einem Patienten mit Kolorektalkarzinom der Tumor erfolgreich entfernt, beginnt die Nachsorgephase. Der Nachsorgeplan, welchen die Patienten bei der
Entlassung erhalten, orientiert sich an der S3-Leitlinie des Leitlinienprogramms für Onkologie. Der Patient kann selbst entscheiden, wo die Nachsorge stattfinden wird. Entweder lässt er seine Nachsorgeuntersuchungen in der Klinik durchführen (klinikinterne Nachsorge) oder er sucht einen niedergelassenen Onkologen auf (klinikexterne Nachsorge). Gegenstand dieser Arbeit ist die Analyse der klinikinternen und
-externen Nachsorge in Bezug auf die Einhaltung der S3-Leitlinie. Ziel ist es, festzustellen, ob anhand der erhobenen Daten Rückschlüsse auf die Leitlinientreue in Bezug auf die Nachsorge der Patienten gezogen werden kann. Im Rahmen dieser Thesis werden Patienten mit einem UICC-Stadium II oder III und einem Diagnosedatum zwischen 2009 und 2013 betrachtet. Basierend auf den Kriterien wurden 562 Datensätze aus dem GTDS exportiert. Nach anschließendem Bearbeiten und Aussortieren wurden 426 Patienten analysiert. Im seit 2001 in Heilbronn eingesetzten Gießener Tumordokumentationssystem (GTDS) werden die Falldaten der Tumorpatienten dokumentiert und gespeichert. Die Verlaufsdaten der
TNM-Dokumentation werden mindestens einmal jährlich zu den Patienten erhoben. Diese Daten werden analysiert, um die Leitlinientreue zu überprüfen.
Der Vergleich zwischen S3-Leitlinie und vorgenommenen Untersuchungen kann sich aufgrund lokaler Dokumentationspraxis nur auf den zeitlichen Ablauf der Untersuchungstermine beschränken, da im GTDS keinerlei Informationen zu der Art der vorgenommenen Untersuchung vorliegen. Um die zeitlichen Abläufe zu analysieren, werden aus den vorliegenden Datumswerten für jeden Patient ein Pfad bestehend aus Zuständen (Tumorfreiheit, Untersuchung 1, etc.) gebildet. Die Übergangswahrscheinlichkeiten
stellen einen Indikator für die Termintreue der Patienten dar. Es wurden 146 Patienten klinikintern und 149 Patienten klinikextern behandelt. 131 Patienten erhielten eine gemischte Nachsorge. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Informationen aus dem GTDS nicht ausreichen, um eine Leitlinienkonformität der Nachsorge von Kolorektalkarzinompatienten nachzuweisen, da im GTDS ausschließlich der Tumorverlauf dokumentiert wird, aber nicht, wie sich die Nachsorge im Speziellen gestaltet.
Die Identifizierung von Angehörigen der Hochschule Heilbronn erfolgt in der Regel
über die Kombination aus Benutzername und Passwort. In verschiedenen Einsatzgebieten,
wie z.B. an einer Parkschranke, ist eine Eingabe der Benutzermerkmale nicht
möglich oder hinderlich. Hierfür soll die Mensakarte des Studentenwerks Heidelberg
als identifizierendes Merkmal erschlossen werden. Dies macht die Verknüpfung von
Benutzerkonto und Karte notwendig.
Im Rahmen dieser Bachelorarbeit werden zunächst verschiedene Umsetzungsmöglichkeiten
für mobile Anwendungen zur Verknüpfung von Benutzer und Karte unter Verwendung
der NFC-Technologie analysiert und ausgewertet. Anschließend wird ein
funktionaler Prototyp für Smartphones der Android-Plattform entwickelt, der die einfache
Einbindung weiterer Funktionalität ermöglichen soll.
Der entwickelte Prototyp ist im Hochschulnetz testweise für die Registrierung und
Deregistrierung von NFC-Karten einsetzbar. Vor einer realen Nutzung des Systems
müssen der Datenschutz und andere organisatorische und rechtliche Pflichten, wie
zum Beispiel das Telemediengesetz, berücksichtigt werden.
There are many drug interactions and to know every single interaction is impossible. In Uganda, a country located in East Africa, patients often do not get a patient information leflaet when a physician prescribes drugs because they only get the drugs without packaging and information inside. Even in developed countries many poeple die because of drug interactions.
This work aims at developing a clinical decision support system for different kinds of drug interactions: 1) drug-drug interaction,
2) drug-food interactions,
3) drug-condition
interactions and
4) drug-disease interactions.
This system must be integrated into an
existing hospital information system called electronic Health Management Information System (eHMIS).
In the first part of this thesis different kinds of clinical decision support systems are described to find out which one is the best for eHMIS. The two different types are knowledge-based and non knowledge-based systems. The second part of this thesis, the data base of eHMIS is extended to have a full
knowledge base for the new module which contains drug-drug interactions, drug-food interactions, drug-disease interactions as well as drug-condition interactions. Therefore new tables were created and filled with data of several data bases with drug interactions. The last part is about designing the clinical decision support system for drug interactions
with the knowledge base of eHMIS, including the implementation considering the integration into the existing system. To know how health professionals in Uganda work
with an electronical health system as well as their other work ows was important. The system now runs in a hospital in Kampala, the capital of Uganda and in a health center level three in Mifumi, a village located in the east of the country.
An der NCT-Gewebebank in Heidelberg werden große Mengen menschlichen Gewebes vorgehalten, welche von Forschern hauptsächlich im Rahmen der Tumorforschung verwendet werden können. Da jede Dienstleistung im Zusammenhang mit diesem Gewebe, sowie die Herausgabe dessen zuerst bewilligt werden muss, müssen die forschenden Ärzte und Wissenschaftler einen Antrag an die Gewebebank stellen. Die
Antragsstellung erfolgt zum aktuellen Zeitpunkt über ein Online bereit gestelltes Formular, welches im besten Falle digital korrekt ausgefüllt, ausgedruckt und unterschrieben an das Sekretariat der NCT-Gewebebank geschickt wird. Da die Anträge dort wieder von Hand digitalisiert werden, soll der Vorgang online erfolgen und so die Antragsverwaltung erleichtern, sowie weniger anfällig für Fehler machen.
Im Rahmen dieser Bachelorarbeit soll ein Konzept entwickelt werden, wie ein Antragsportal funktionieren kann, über das die Forscher online Anträge stellen können.
Diese Arbeit ist auf die folgenden Ziele ausgerichtet:
- Modellierung des aktuellen Zustands des Prozesses der Antragstellung
- Modellierung eines möglichen zukünftigen Prozesses
- Vorstellung der möglichen Verbesserungen im Prozess
- Konzeptionierung eines Antragsportals
- Analyse der Umsetzung dieses Portals mit praktischen Ansätzen
In dieser Bachelor-Thesis wird ein Ansatz zur robotergestützten Ultraschall-Bildgebun entwickelt. Es wird hierbei hauptsächlich die Kommunikation zwischen Roboter und
Computer, sowie die Steuerung des Roboters, betrachtet. Die Bilderfassung und Darstellung
ist nicht Teil dieser Arbeit. Ergebnis dieser Arbeit sind eine detaillierte Anforderungsanalyse, eine GUI zum Steuern der erstellten Roboterteilprogramme und das Roboterprogramm an sich. Auf Seiten
des Roboters sind Programme für das Beibringen von Positionen, das Anfahren
dieser und das Verfahren des Ultraschallkopfes an diesen (manuelle Steuerung mit einem Joystick) implementiert. Für eine Atembewegungskompensation sind Beispielprogramme erstellt worden. Die Kommunikation zwischen Roboter und Computer baut auf OpenIGTLink auf. Ein weiteres Ergebnis der Thesis ist die Architektur des Programms, die es ermöglicht, dem Roboter beliebig viele neue Befehle beizubringen.