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Im Rahmen dieser Bachelorarbeit wurde ein Triangulations-Algorithmus basierend auf dem Marching Cube Algorithmus konzeptioniert und implementiert. Der Algorithmus soll in der Software für die Strahlentherapieplanung VIRTUOS verwendet werden und die speziellen Anforderungen dieser Software erfüllen. Diese sind im Kapitel 1.3 beschrieben. Der Algorithmus soll eine Triangulation von Konturen mit Subpixel-Auflösung mit dem Marching Cube Verfahren ermöglichen. Diese Triangulation soll kanten- bzw. punkterhaltend sein. Somit darf sich die Position existierender Konturpunkte nicht ändern. Die Anzahl der erzeugten Dreiecke soll möglichst gering sein. Des Weiteren soll der Algorithmus in seiner Performanz optimiert sein. Die Implementierung des in dieser Arbeit beschriebenen Algorithmus ist wie VIRTUOS in C/C++ geschrieben und soll die bisherige Delaunay Triangulation ablösen.
The aim of this master’s thesis is the design and implementation of a dedicated software system, for planning and implementation of occupational therapy intervention and research studies, in a driving simulator environment. In the first part, the concept based on user requirements is presented. It consists of architectural patterns and guidelines with the main focus on utility and application security. The result of this part is the design of a web application which supports integration in a clinical as well as a research environment. The second part presents the reference implementation of the previously introduced concept. It was developed under a case study in a research facility which hosts a driving simulator. A close cooperation and the influence the researcher’s experience led into a product which provides advanced usability for the target users. In conclusion, the thesis validated the concept indirectly under a testing phase of the reference implementation. It provides the base for a follow-up project to refine the software product and extend the concept to different fields of application.
In dieser Arbeit wurde am Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) in Heidelberg eine Anwendung für das Trainieren von Klassifikatoren, das Klassifizieren und für die Durchführung eines Leave-One-Out-Tests entwickelt. Auf der Grundlage von Methoden aus einem bereits existierenden Programm, das zum automatischen Erkennen von osteolytischen und osteoblastischen Läsionen bei Patienten mit einem multiplen Myelom genutzt wird, wurde eine Benutzeroberfläche implementiert, die das aufwendige und manuelle Anpassen an neue Fragestellungen erleichtern soll. Zusätzlich soll eine Visualisierung von Merkmalen dem Benutzer beim Trainieren eines Klassifikators die Auswahl verdeutlichen und vereinfachen. Damit die Anwendung auch für andere Klassifikationsaufgaben genutzt werden kann, wurde eine Erweiterungsmöglichkeit der grafischen Benutzeroberfläche auf Basis von XML integriert.
In dem transregionalen Sonderforschungsbereich SFB/TRR 77 untersuchen Heidelberger und Hannoveraner Wissenschaftler Entstehungsmechanismen und neue Therapieansätze des Leberzellkarzinoms, einer der tödlichsten Tumorerkrankungen unserer Zeit. Die IT-Plattform Pelican, die ein Teil des Gebiets Z2 ist, soll dem Forschungsverbund die softwaregestütze Analyse und die nachhaltige Bereitstellung von Leberkrebs-Forschungsdaten ermöglichen [Ganzinger et al. 2011]. Ein Teil von Pelican soll eine gemeinsame Informationsplattform anbieten, die die biomedizinischen Daten der verschiedenen medizinischen und biologischen Projekte integriert und den beteiligten Projektgruppen biostatistische Programme und projektübergreifende Auswertungen zur Verfügung stellt. Die Integration von Gewebe-, Molekül-, Genetik- und Klinikdaten in eine gemeinsame Plattform ermöglicht Datenerhaltung und umfassende Analysen. Die integrierte Analyse begegnet durch die Verknüpfung verschiedener Forschungsprojekte des SFB/TRR 77 den Herausforderungen der Multidisziplinarität klinischer Forschung und Genforschung. Mit dem Next-Generation DNA Sequencing ist durch Kostenreduzierung und immenser Zeiteinsparung die DNA Sequenzierung einem breiten Spektrum an Wissenschaftlern zugänglich geworden und hat Kompetenzen zur Sequenzierung von zentralen Stellen in die Hände vieler individueller Forscher gelegt [Shendure and Ji 2008, Ding et al. 2010, Wetterstrand 2011]. Die Kombination dieser hochentwickelten Technologien aus der Gentechnik und rechnerbasierten Werkzeugen erlaubt die Beantwortung biologischer Fragestellungen in erheblich umfangreicherer Art und Weise als dies bisher möglich gewesen ist [Shaer et al. 2013]. Die rasche Entwicklung des Next-Generation Sequencing beinhaltet auch das Konstruieren neuer Ansätze zur bioinformatischen Datenanalyse, ohne die kein Informationsgewinn, wie beispielsweise die Entdeckung von Genvariationen, möglich wäre. Das dabei neu gewonnene Wissen kann zu erheblichen Fortschritten in der Krebsforschung führen, beispielsweise wenn es um das Identifizieren der Genomveränderungen einer Tumorzelle geht [Ding et al. 2010]. Anstatt Sequenzierungen in kleinem Maßstab durchzuführen, können Forscher inzwischen Sequenzierungen in weit umfangreicherem Ausmaß realisieren, in denen Informationen von multiplen Genen und Genomen vermessen, dokumentiert und in Datenbanken gespeichert werden können. Die DNA Sequenzen werden nach der Sequenzierung in einer Kette aus vielen Prozessschritten – eine bioinformatische Pipeline – analysiert und verarbeitet. Zu den Einzelschritte, wie zum Beispiel Alignment oder die Entfernung von Duplikaten, gibt es oftmals viele Alternativen.
Viele Kinder und Jugendliche in Deutschland leiden unter verschiedenen langwierigen Krankheiten. Die Folge sind oftmals lange Krankenhausaufenthalte. Dadurch werden die Patienten und Schüler aus der Klassengemeinschaft gerissen. Durch die modernen Techniken besteht die Möglichkeit, diese Isolation zu vermindern. Der Begriff „ELearning“ kann mit dieser Problemstellung verknüpft werden. R. Clark und R. Mayer definieren es wie folgt: „We define e-learning as instruction delivered on a digital device such as a computer or mobile device that is intended to support learning.“ [2] Dieser Ansatz zur Problemlösung wird in dieser Thesis verfolgt. Aufgabe ist es, ein bereits bestehendes Projekt zu verbessern. Die Diplomarbeit „Konzeption und prototypische Realisierung eines virtuellen Klassenzimmers für kranke Kinder und Jugendliche“ ist die Grundlage der vorliegenden Arbeit und auch des bestehenden Projektes. Es wurde dort auf Standardtechnik zurückgegriffen, die keine befriedigende Qualität der Übertragung bot. Da das Projekt weiterverfolgt und weiterentwickelt werden soll, muss sich die Qualität der Übertragung verbessern.
Durch die immer härteren Anforderungen an Wirtschaftlichkeit und Qualität ihrer angebotenen Leistungen kommt es in der Medizin zur immer engeren Zusammenarbeit zwischen den Leistungserbringern. Das Universitätsklinikum Heidelberg und die IntercomponentWare AG haben daher ein gemeinsames Projekt ins Leben gerufen dessen Ziel die Entwicklung eines intersektoralen Informationssystems (ISIS) ist. ISIS soll den Austausch versorgungsrelevanter, medizinischer Daten ermöglichen. Patienten müssen der Teilnahme an ISIS und dem Austausch sowie der Verarbeitung ihrer Daten mit den einzelnen an ISIS teilnehmenden Einrichtungen aufgrund der rechtlichen Gegebenheiten in Deutschland explizit zustimmen. Das Management der Einwilligungserklärungen wurde bisher durch Produkte der Industrie nicht zufrieden stellend gelöst. Um das Einwilligungsmanagement befriedigend zu lösen wurde am Universitätsklinikum Heidelberg ein Konzept für ein zentrales Einwilligungsmanagement für ISIS entwickelt.
Implementierung des "Bresenhams-Algorithmus" für die Benutzung in einem Rekonstruktionsalgorithmus
(2011)
In der Medizin nimmt die medizinische Bildgebung eine wichtige Rolle ein. Die Reaktionszeit chemischer Reaktionen im menschlichen Körper kann sehr kurz sein, so dass man diese Reaktionen nur schwer beobachten kann. Somit kann die Geschwindigkeit der bildgebender Verfahren in der Diagnostik eine ausschlaggebende Funktion haben. Des Weiteren sind bei der Bildgebung eingesetzte Strahlen potentiell gefährlich. Je länger die Aufnahme dauert, desto mehr Schaden kann angerichtet werden. Im Hinblick auf die Geschwindigkeit der bildgebenden Verfahren haben die unterschiedlichen Bildrekonstruktionsmethoden eine zentrale Bedeutung. Für die Benutzung in einem tomographischen Rekonstruktionsalgorithmus und somit für die Verbesserung der Geschwindigkeit und die Verringerung der eingesetzte Strahlen der Bildgebung, soll in dieser Arbeit der Bresenham-‐Algorithmus in Matlab implementiert werden. Mit Hilfe des Algorithmus werden alle Voxel eines Objektes ermittelt, die innerhalb des bestrahlten Bereichs liegen. Das Ergebnis des Algorithmus, sprich die Menge und die Koordinaten der bestrahlten Voxel, kann dann als Input für die Berechnung des relativen Volumenanteils oder für die Berechnung der Strahllänge im Voxel verwendet werden.
Die visuelle Analyse der kindlichen Spontanmotorik hat sich als aussagekräftiges Verfahren zur Prognose schwerer neurologischer Störungen erwiesen. Eine computergestützte Entscheidungsunterstützung könnte Ärzten eine wertvolle objektive Hilfe bei der Prognosestellung geben. Mit dem Ziel ein solches entscheidungsunterstützendes System zu entwickeln, wurde am Institut für Medizinische Biometrie und Informatik der Universität Heidelberg ein Forschungsprojekt durchgeführt. Darin wurde u.a. ein Softwarepaket für Forscher entwickelt. Die Ergebnisse der Forschung wurden bislang nicht für Ärzte zugänglich gemacht. Diese Arbeit ergänzt das Softwarepaket des Projekts um zwei Komponenten. Ein grafischer Editor erleichtert die Nutzung des bestehenden Softwarepakets, indem es den Forscher bei der Ablaufsteuerung des entscheidungsunterstützenden Prozesses unterstützt. Eine Präsentationskomponente macht die Ergebnisse des entscheidungsunterstützenden Prozesses für Ärzte nutzbar. Die beiden Komponenten werden mit ähnlichen Komponenten anderer Forschungsprojekte im selben Kontext verglichen und exemplarisch evaluiert.
In einem überregionalen Forschungsprojekt untersuchen Heidelberger und Hannoveraner Wissenschaftler Entstehungsmechanismen und neue Therapieansätze des Leberzellkarzinoms, einer der tödlichsten Tumorerkrankungen unserer Zeit. Die IT-Plattform pelican soll dem Forschungsverbund die softwaregestütze Analyse und den Austausch von Leberkrebs-Forschungsdaten ermöglichen. Bisher fehlte dazu ein geeignetes Oberflächenkonzept. Deswegen wurde eine Benutzerschnittstelle entworfen, die in der Lage ist, heterogene Daten und Funktionen darzustellen und dabei flexibel an die Nutzerbedürfnisse angepasst werden kann. Es konnte anhand einer prototypischen Benutzungsoberfläche gezeigt werden, dass sich das Konzept praktisch umsetzen lässt. Mit Hilfe der in einem Evaluierungsprozess ausgewählten Portalsoftware GridSphere wurden mehrere Datendienste als Module in die pelican-Applikation integriert. Als besondere Herausforderungen haben sich die Navigation innerhalb der Oberflächenmodule sowie der Informationsaustausch zwischen den Komponenten herausgestellt. Die erarbeiteten Lösungsansätze wurden dokumentiert und dienen als Basis für die Integration beliebiger neuer Dienste in die Plattform. Zukünftige Entwicklungen können der Krebsforschung weltweit in Form von standardkonformen Diensten im caGrid Umfeld zur Verfügung gestellt werden.