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An architectural concept for implementing the socio-technical workflow of Digital Pathology in Chile
(2014)
Virtual Microscopy opens up the possibility to remotely access high quality images at large scales for scientific research, education, and clinical application. For clinical diagnostics, Digital Pathology (DP) presents a novel opportunity to reduce variability [Bauer et al., 2013] due to the reproducible access to Whole Slide Imaging, quantitative parameters (e.g. HER2 stained membrane) [Al-Janabi et al., 2012], second opinion and Quality Assurance [Ho et al., 2013]. Despite of the mentioned advantages, the challenge remains to incorporate DP into the pathologists workflow within a heterogeneous environment of systems and infrastructures [Stathonikos
et al., 2013]. Different issues must be solved in order to optimize the impact of DP in the daily clinical practice [Daniel et al., 2012] [Ho et al., 2006]. The integration needs precise planning and comprehensive evaluation for adopting this technology
[Stathonikos et al., 2013]. This thesis will focus on an organizational development approach based on a Socio-Technical System (STS). The socio-technical approach covers: (i) the technical issue: tissue-scanner, NDP.view, NDP.serve, analysis software, and (ii) the social issue: pathologists, technicians. In order to improve the integration, a joint optimization (of i and ii) is necessary. The developed STS approach will optimize the integration of DP towards improved workflows in clinical environments. The improved workflows will reduce the pathologists turnaround time, improve the certainty of the diagnostics, and provide a more effective patient care within the covered institutions. An overt multi-site Participatory Observation, Questionnaires, and Business Process Modelling Notation will be used to analyse the existing pathological workflows. Based on this, the system will be modelled with the 3lgm2 Toolkit [Winter et al., 2007] under consideration of various technical subsystems that are present in the clinical environment. Afterwards, the interfaces between subsystems and its possible interoperabilities will be evaluated, taking into account the different existing standards and guidelines for image processing and management, as well as business processes in DP. In order to analyse the existing preconditions a questionnaire will be evaluated to establish a robust and valid view. In addition, the overt participatory observation will support this elevation, giving a deeper insight on the social part. This observation also covers the technical side including the whole pathological process. The socio technical model will then reveal measurable potential for optimization with incorporated DP (e.g. higher throughput for slides). The organizational development approach consists of a Socio-Technical System based on overt multi-site participatory observations, questionnaires, business process modelling and 3LGM2, will optimize the use of Digital Pathology in the daily clinical practice and raise the acceptance to incorporate integrate the new technology within the dayly workflow through the user centred process of incorporation.
• Perform and evaluate a questionnaire and a participant observation of pathologists work days in private & public institutions
• Create and evaluate a 3lgm2 model
• Model the current pathological process (viewpoint of pathologist & technical assistant) & perform and evaluate a contextual inquiry to elevate the pathologists requirements & expectations towards the system
• Test the future WF according the model parameters.
This project will detect unsuspected interrelations and interdependencies within the socio- technical workflow with a pathology laboratory. The observation will reveal the action conformity as well as the environment in which the process has to be embedded. Furthermore it will establish an optimized workflow for a specific clinical environment to prepare the implementation of DP. Additionally it will be possible to
quantify digitized images in order to improve decision making and lastly to improve patient care. In the future it will be possible to extend automated image analysis in order to support clinical decision support. Depending on acceptance, this can lead towards an automated clinical decision support for cases with low complexity.
1.1 Gegenstand und Motivation Die bereits in den 1970er-Jahren [1] entwickelte Technologie NAVSTAR GPS (GPS) arbeitet elektronisch und eignet sich 1 besonders zur Navigation in großen und freiliegenden Gebieten, da sie die Standorte der Endgeräte satellitengestützt errechnet. In Gebäuden stößt diese Technik aufgrund der Signaldämpfung durch Hindernisse, wie Decken, schnell an ihre Grenzen. GPS-Signale sind im Inneren eines Gebäudes um 20-30 dB (Faktor 100-1000) schwächer, als im Außenraum [2]. Auch die Differenzierung verschiedener Etagen ist mittels der GPS-Technologie nicht möglich. Die herkömmliche Navigation in Gebäuden wird zurzeit häufig mittels Pfeilen und Karten realisiert. Aufgrund immer größer werdender Gebäude und dem Wunsch, ortsbezogene Informationen zu übermitteln, steigt die Nachfrage einer elektronischen Indoor-Navigation stetig. Eine mögliche Lösung zur Indoor-Navigation bietet iBeacon. Dieser proprietäre Standard wurde 2013 von der Apple Inc.2 eingeführt und basiert auf der Bluetooth Low Energy-Technologie (BLE), welche durch einen geringen Energieverbrauch gekennzeichnet ist. Ursprünglich dient iBeacon dazu, einem BLE fähigem Endgerät mitzuteilen, dass es sich in der Reichweite eines iBeacons befindet. Das Endgerät kann so ortsspezifische Informationen an den Benutzer übermitteln, da das Endgerät den Standort des iBeacons kennt. So können z.B. Informationen zu einem Patienten eines Krankenhauses an den Tabletcomputer (Tablet) des medizinischen Personals übermittelt werden. Dies geschieht durch eine Abstandsmessung zwischen dem iBeacon und dem Endgerät. Unter der Hinzunahme zwei weiterer iBeacons kann theoretisch eine Positionsbestimmung des Mobiltelefons und damit eine Navigation durchgeführt werden.
The aim of this master’s thesis is the design and implementation of a dedicated software system, for planning and implementation of occupational therapy intervention and research studies, in a driving simulator environment. In the first part, the concept based on user requirements is presented. It consists of architectural patterns and guidelines with the main focus on utility and application security. The result of this part is the design of a web application which supports integration in a clinical as well as a research environment. The second part presents the reference implementation of the previously introduced concept. It was developed under a case study in a research facility which hosts a driving simulator. A close cooperation and the influence the researcher’s experience led into a product which provides advanced usability for the target users. In conclusion, the thesis validated the concept indirectly under a testing phase of the reference implementation. It provides the base for a follow-up project to refine the software product and extend the concept to different fields of application.
The Greifswald University Hospital in Germany conducts a research project called "Greifswald Approach to Individualized Medicine (GANI_MED)", which aims at improving patient care through personalized medicine. As a result of this project, there are multiple regional patient cohorts set up for different common diseases. The collected data of these cohorts will act as a resource for epidemiological research. Researchers are going to get the possibility to use this data for their study, by utilizing a variety of different descriptive metadata attributes. The actual medical datasets of the patients are integrated from multiple clinical information systems and medical devices. Yet, at this point in the process of defining a research query, researchers do not have proper tools to query for existing patient data. There are no tools available which offer a metadata catalogue that is linked to observational data, which would allow convenient research. Instead, researchers have to issue an application for selected variables that fit the conditions of their study, and wait for the results. That leaves the researchers not knowing in advance, whether there are enough (or any) patients fitting the specified inclusion and exclusion criteria. The "Informatics for Integrating Biology and the Bedside (i2b2)" framework has been assessed and implemented as a prototypical evaluation instance for solving this issue. i2b2 will be set up at the Institute for Community Medicine (ICM) at Greifswald, in order to act as a preliminary query tool for researchers. As a result, the development of a research data import routine and customizations of the i2b2 webclient were successfully performed. An important part of the solution is, that the metadata import can adapt to changes in the metadata. New metadata items can be added without changing the import program. The results of this work are discussed and a further outlook is described in this thesis.
Die Versorgung und Unterstützung von Palliativpatienten stellt häufig hohe Anforderungen an deren Angehörige. Es ist wenig bekannt über den Informationsbedarf dieser Angehörigen und deshalb können sie nicht immer optimal nach ihren Bedürfnissen unterstützt und informiert werden. Ferner ist nicht genügend erforscht, wie Angehörige motiviert werden können, um über bekannte Anforderungen hinaus, eigene Vorstellungen und Ideen bezüglich des Informationsbedarfs zu entwickeln. In der vorliegenden Arbeit wird zunächst eine Literaturrecherche zur Informationsbedarfsanalyse durchgeführt, um einen Überblick über Methoden zur Erhebung eines Informationsbedarfs zu bekommen. Als Vorgehensweise für die Literaturrecherche wurden das Schneeballsystem und die systematische Suche in Schlagwortkatalogen identifiziert. Um eine geeignete Methode zur Ermittlung des Informationsbedarfs von Angehörigen von Palliativpatienten auswählen oder entwickeln zu können, wurden Interviews geführt. Neben einem Interview mit einer Familie erfolgten weitere Interviews im Rahmen von Hospitationen an drei verschiedenen medizinischen Einrichtungen: eine Palliativstation in Heidelberg, ein Hospiz in Wiesloch und eine spezialisierte ambulante Palliativversorgungseinheit in Buchen. Diese flossen in einen Interviewleitfaden ein, der als Methodik zur Erhebung des Informationsbedarfs speziell von Angehörigen von Palliativpatienten verwendet werden kann. Es hat sich gezeigt, dass die Befragung als ein qualitatives Interview durchgeführt werden sollte. Der Interviewleitfaden besteht aus 5 Fragenblöcken. Durch offene Fragestellungen werden die Subjektivität und ein tiefer Informationsgehalt erlangt. Im letzten Teil der Fragen werden papierbasierte Prototypen von einigen Ideen für mobile Systeme vorgestellt und besprochen. Dieser Interviewleitfaden wurde in einer Vorstudie erprobt. Dafür wurden 3 pflegende Angehörige von Palliativpatienten befragt. Durch das Umsetzen der Erkenntnisse aus den Interviews konnte die Methodik angepasst und Schwachstellen verbessert werden. Nach Abschluss dieser Testphase wurde ein allgemeiner Studienplan für eine Studie entworfen. Dieser beschreibt die Durchführung einer qualitativen Studie. Dabei soll die Wirklichkeit anhand der subjektiven Sicht der befragten Angehörigen abgebildet werden.